Trịnh Tùng bãi bỏ chức Tả, Hữu thừa tướng và Bình chương của thời trước, đặt ra chức Tham tụng làm việc Tể tướng và chức Bồi tụng đảm đương trọng trách trong phủ Chúa[2]. Dưới Tham tụng và Bồi tụng, chúa Trịnh đặt thêm các Phiên, tương đương với các Bộ bên cung vua. Tuy nhiên thời Trịnh Tùng chỉ có 3 Phiên, phải tới năm 1718 Trịnh Cương mới đặt thêm 3 Phiên nữa, từ đó mới đầy đủ 6 Phiên tương đương 6 Bộ của triều đình vua Lê là Binh phiên, Hộ phiên, Lại phiên, Lễ phiên, Hình phiên, Công phiên[3].

Tại các địa phương, Đàng Ngoài chia làm 11 trấn, sau chia lập thêm 2 trấn thành 13 trấn (Hải Dương, Sơn Nam, Sơn Tây, Kinh Bắc, Cao Bằng, Lạng Sơn, Hưng Hóa, An Quảng, Tuyên Quang, Thái Nguyên, Thanh Hóa, Nghệ An), và 1 phủ là phủ Phụng Thiên là vùng kinh thành.

Đứng đầu các trấn là các cơ quan Trấn ty, Thừa ty và Hiến ty. Đứng đầu cơ quan Trấn ty là quan Trấn thủ, Đốc trấn và Lưu thủ. Các trấn gần thì đặt chức Trấn thủ nhưng các trấn xa thì đặt chức Đốc trấn.